Ha jól értem, egy gyors gépen akarsz egy lassú gépnek kernelt forgatni…
Ha igen: miután leforgattad át tudod másolni a teljes linux forrást és az install parancsok már hamar lefutnak. (Ha háló van, akkor ettől egyszerűbb a helyzet…)

„Az világos, hogy kellenek a modulok, a System.map és persze a bzImage de hova kellene tenni a többi cuccot?”
a) a modulokat, image-okat az install parancsok helyre teszik
b) amit még használhatsz
linux/include/linux -> /usr/include/linux
linux/include/asm-arch -> /usr/include/asm
(Ezek ált itt vannak. Persze lehetnek máshol is, de akkor azt kell megadni a fordítónak.)

A gyors gépen konfigolsz, majd kiadod a make parancsot. A make install, make modules_install (aszem már ez ez utóbbi is redundáns, de a bzImage biztosan) parancsot meg a lassú gépen (ez már csak telepítés gyorsan megy.)
A háló azért jó, mert ugyanazt a scr könyvtárat mindkét gépen be lehet csatolni.
Végezetül dolgozhat egyszerre több gép is rajta… bár egy kernel erre kis falat – szerintem.

„aztán másolni a vmlinuz -t és a System.map a /boot -ba”
Többek között ez az amit a make install csinál. (Ha nem szereted a vmlinuz elnevezést kézzel… noha mindig legyen bizt. másolat a működő kernelről, konfigról és a legcélszerűbb, ha benne marad a rendszerbetöltő konfba is.)

„De mik is ezek a többi könyvtárban – az include még a legérthetőbb, de pl. mi az az init, ipc lib stb, és mi velük a teendő?”
Akkor a kernel, modul, header érthető. A többivel nem kell foglalkozni.
Dióhéjban, amatőren:
Documentation – kernel doksi; helyből olvasni érdemes, de a rendszer működése szempontjából lényegtelen
arch – ebben van a kernel image (az adott ach-hoz); ha kézzel bíbelődsz, érdekes
block – diskek
crypto – kódolás (a kernel konfig. végén)
drivers – illesztő programok (na ezt kell hekkelni :))))
fs – filerendszer
include – a programoknak kelhet
init – main, initramfs, verzió
ipc – megosztott memória
kernel – cpu, szálak, időzítés, stb.
lib – lib. rutinok (crc, mágikus bill. komb, kiíratás, string, számok, keresés, rendezés stb.)
mm – memória
net – hálózati támogatás
scripts – kernel konf, építő scriptek
security – alap bizt szintek (ez is valahol a konfig végén van)
sound – hang támogatás
usr – initramfs
Mindezek a fejlesztőknek fontosak, hogy átlássák a kernelt… meg egy-egy ilyen részleten, egy-egy gárda dolgozik. E források feldolgozásával keletkezik a kernel image, meg a modulok.

” /lib/modules/linux-2.6.xx.x könyvtárba teszi (sajnos) ahova a felhasznált gép moduljai is vannak telepítve”

Ez csak akkor lehet, ha ua. a verzió!
De ezt is lehet cifrázni, ha nevet adsz a configban!
Akkor „vmlinuz-2.6.x-valami” lesz és a /lib/modulesben is.

Ja, ekkor mindenhol „2.6.xx-my_hack” lesz a kernel könyvtár/file neve.

Na kipróbáltam:
EXTRAVERSION = -my_hack
LOCALVERSION = „01”

Akkor kernel név: „2.6.xx-my_hack01”.