(Csináltam ilyet más rendszerrel (már nem tudom melyik disztri) is azzal nem működött, de frugalwarenál megy minden.)

Én SUSÉ-t szoktam ilyen másolással „klónozni”.
Azt tapasztaltam, hogy ha mc-ben kijelölöm a könyvtárakat, és elindítom a másolást, akkor az eredmény, bár látszólag rendben van, mégse működik.
Ha viszont a főkönyvtárom állva egyenként másoltam a könyvtárakat, akkor az eredmény tökéletesen működött. (Persze a proc könyvtárt nem másolom, csak létrehozom, a mountolt könyvtárakat sem célszerű másolni, a tmp hasonlóan, ennek a jogaira kell figyelni, és persze a végén az fstab átírása is szükséges, hacsak nem egy másik gép ugyanilyen vinyója készül.)
Szóval ha észnél van az ember, akkor meg lehet csinálni.