Nem kell feljebbvinni, amik fel vannak sorolva elérési útként azokat próbálja végig.
Hát, ebben én nem vagyok olyan biztos. Az igaz, hogy azokat nézi végig, de ha már libGL.so.1.2 fájlt már megtalálta a /opt/mesa-xgl/lib/ útvonalon, akkor őt már nem keresi tovább, pedig inkább a /usr/lib/opengli/xorg-x11/lib-ben levőt kellene használni (gondolom, ez az ati/nvidia által szállított).

A man ld-ből:

The linker uses the following search paths to locate required shared libraries.
1-4 : paraméterekkel tudod megadni
          5.  For a native linker, the contents of the environment variable „LD_LIBRARY_PATH”.
6. nem fontos a mi szempontunkból
          7.  The default directories, normally /lib and /usr/lib.

          8.  For a native linker on an ELF system, if the file /etc/ld.so.conf exists, the list of directories found  in
              that file.

Tehát ezért kell megadni futtatásakor az LD_LIBRARY_PATH-ot, hogy azt a so-fájlt tőccse be. Ezért mondtam azt, hogy bele lehet írni az /etc/ld.so.conf-ba, méghozzá az elejére, vagy pedig itt a python-forrásban a sorrendet felcserélni (gondolom, az ld-t majd a szkript paraméterezi fel).