És a második kérdésemre a válasz? Hogyan tudom megcsinálni a media/d/down mappát összehozni a home/user/downloads mappával?

Bevallom, ezt nem értem.
A /media alatt a floppy és az optikai egységek találhatók alapértelmezésben.
Miért nem a megfelelő helyre csatolod a win-es partíciókat? ( /windows/akármi)
Miért kell, hogy megegyezzen a két mappa? Ez értelmetlen.
Ha letöltesz valamit, irányítsd a letöltést oda, ahova neked a legpraktikusabb.

(Nem a témához tartozik, de miért használsz fat-ot? A win98 támogatása megszűnt, a w2k és xp faton való futtatása meg enyhén szólva nem ajánlott.)

Azért kell, hogy megegyezzen, mivel a linux-os partíció 11GB. A windows-os meg 90. És egyszerübb megkeresni a home-ban (mivel mindig ott kezdhetek böngészni) és akkor nem kell kimennem, majd bemászkálni mindennek a mélyébe.
A mediában is teljesen jó a két vinyó. Amúgy meg nem mindegy, hogy hol van, mert szerintem oly mindegy. Én ott szoktam meg, mivel az UHU is oda tette.
És azt, hogy mért fat, mert 120GB-ból nem úgy gazdálkodik az ember, mint 500-ból.