A KDE mindíg úgy töltődik be, ahogy azt te ott hagytad. Tehát az amarok-ba is be voltál lépve, meg a skypéba is. Így hát 2 lehetőség van, mindíg vagy bezársz mindent, ha kikapcsolod a gépet, vagy újraindítasz , vagy a KDE vezérlőpultba beállítod neki. :))))))))))

A rendszerleállítás előtti bezárás is okos ötlet, de kell hogy nyoma maradjon annak is hogy mi volt elindítva előtte. Tehát kell hogy legyen egy default beállítás a KDE-ben, ami jelzi hogy a szokásos tennivalók után miket kell még indítani boot időben, tehát milyen programok futottak a shutdown kiadásának pillanatában.
Nyilván ez egy kulcsszó ami a ~/.kde dirben található, és ennek kiderítése nehéz, mert sikeres boot után nyilván törlődni fog.

Az adott programokat meghívod, és a program saját beállításaiban beállítod, hogy ne induljon automatikusan.

Ja.
Ezek olyan programok, amik be szoktak épülni a system tray -be.
Ezt a beépülést (automatikus indulást) kell tiltani.
Viszont az engem is érdekelne hogy hová van eldugva ez a beállítás, de valószínűsítem ezt: ~/.kde/share/config/*rc